Le sanctuaire fut maltraité par les guerres et dévasté durant la Révolution et le Consulat, notamment suite à l’occupation du plateau par les troupes françaises du général Masséna en novembre 1793 et par le général Garnier en mai 18001. Cependant le sanctuaire fut reconstruit en 1806. En 1871, le cloître a été construit pour marquer le millénaire du sanctuaire. Mais avec le temps le sanctuaire fut progressivement abandonné. Il est réhabilité sous l’impulsion du père Gil Florini, actuel prêtre de la paroisse Saint-Pierre d’Arène, à Nice.